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Directives de l'IHEC

Le Consortium international d'épigénomique humaine (IHEC) a créé un comité de travail sur les normes d'analyse et le contrôle de qualité (présidé par Martin Hirst, chef de réseau du CEEHRC) afin de définir les analyses requises pour trois classes distinctes d'épigénomes de référence, et de définir des protocoles normalisés et des mesures de contrôle de qualité pour chaque analyse. Les recommandations du comité visent à fournir un cadre pour définir les épigénomes de référence à inclure dans le Consortium international de l'épigénome humain. Ces recommandations constituent des normes minimales basées sur les connaissances actuelles des facteurs contribuant à la régulation épigénomique dans les cellules humaines et sur l'état actuel des technologies de cartographie épigénomique, et sont revues et mises à jour chaque année.

 

Procédures opérationnelles standardisées

Les protocoles d'épigénomique spécifiques utilisés au Centre des sciences génomiques de la BC Cancer Agency sont énumérés ci-dessous à titre de ressource supplémentaire. Les documents ci-joints représentent les dernières versions de toutes les POS en date d'avril 2018 ; si vous avez besoin d'une version différente de l'une de nos POS, veuillez nous contacter.

 

Laboratoire expérimental
Préparation des échantillons, extraction des acides nucléiques et contrôle de qualité
Séquençage du génome entier (WGS)
Séquençage du génome entier au bisulfite (WGBS)
ARN-Seq
MicroRNA-Seq
Séquençage de l'immunoprécipitation de la chromatine (ChIP-Seq)
Validation et contrôle de qualité des réactifs ChIP-Seq
Autres analyses