Le système immunitaire peut être divisé en deux parties : Le système immunitaire inné, qui constitue notre première ligne de défense contre les agents pathogènes envahissants, et le système immunitaire adaptatif, qui met plus de temps à réagir à une infection initiale, mais fournit une immunité durable contre les expositions ultérieures. L'immunité adaptative peut être subdivisée pour inclure une branche appelée immunité entraînée, une mémoire immunologique non spécifique qui assure une protection contre les infections futures. L'immunité entraînée et l'immunité adaptative ont des caractéristiques épigénétiques similaires, sauf que l'immunité entraînée fournit une protection plus forte contre un large éventail d'agents pathogènes, améliorant le mécanisme de défense de l'hôte en cas de ré-infection, tandis que l'immunité adaptative fournit une protection contre des agents pathogènes spécifiques. 

L'immunité entraînée diffère d'un individu à l'autre en fonction de la reprogrammation épigénétique et métabolique unique des cellules immunitaires innées, de l'exposition antérieure à des stimuli externes et de l'état de santé sous-jacent. Par exemple, la vaccination par le Bacillus Calmette-Guérin (BCG), le vaccin contre la tuberculose, semble renforcer notre immunité entraînée et peut réduire la gravité de la COVID-19.

Au niveau de la modification des histones, on a constaté que les monocytes exposés au BCG présentaient un enrichissement de la marque d'activation épigénétique H3K4me3 au niveau des promoteurs des gènes des cytokines inflammatoires, ce qui suggère que les cellules étaient préparées à répondre à l'infection. On suppose que le mécanisme sous-jacent de la protection accrue contre le SRAS-CoV-2 après la vaccination par le BCG est dû au fait que le vaccin module les cellules souches hématopoïétiques, cellules résidant dans la moelle osseuse qui donnent naissance aux cellules immunitaires, à différents niveaux d'organisation de la chromatine, modifiant ainsi l'expression des gènes de défense de l'hôte. Bien qu'il ait été démontré que cela réduisait la gravité des symptômes et augmentait les taux de survie des patients atteints de la COVID-19, le vaccin BCG n'a pas été recommandé comme traitement pour la COVID-19.

La recherche a montré que l'épigénétique joue un rôle important dans la réponse immunitaire et la mémoire des virus, y compris le SRAS-CoV-2, et la poursuite des recherches pourrait contribuer à l'optimisation des stratégies de vaccination et de traitement du COVID-19.