Secteurs d’activité
Les centres de cartographie de l'épigénome du CEEHRC situés à BC Cancer Research Institute et à l'Université McGill sont engagés dans la production d'ensembles de données épigénomiques de haute qualité et de cartes de référence dans le cadre du Consortium international de l'épigénome humain (IHEC).
Dans le cadre de la deuxième phase de l'initiative du CEEHRC, 30 % de la production financée de cartes épigénomiques a été réservée au profilage des échantillons désignés et fournis par la communauté canadienne de recherche en épigénétique. Dans le cadre du programme d'accès à la communauté, les centres de cartographie du CEEHRC couvriront les coûts de génération de bibliothèques, de séquençage et d'analyse des données primaires, y compris la soumission de séquences et de métadonnées résultantes à un dépôt public, pour les spécimens biologiques proposés qui répondent aux exigences décrites ci-dessous.
Les tests épigénomiques soutenus par cette initiative sont énumérés ci-dessous, dont la somme constitue un épigénome de référence tel que défini par l'IHEC :
- Modifications des histones : Séquençage de l'immunoprécipitation de la chromatine (ChIP-Seq) à l'aide d'anticorps étalonnés ciblant les modifications suivantes de l'histone H3 :
- H3K4me3
- H3K4me1
- H3K9me3
- H3K27me3
- H3K27ac
- H3K36me3
- Contrôle de soumission de données
- Méthylation de l'ADN : séquençage du génome entier au bisulfite
- Transcriptome : Séquençage de l'ARN ribodéplété (ARN-seq)
Les ensembles de données d'épigénomes traités seront mis à la disposition des groupes qui les ont soumis sous forme de pistes de données brutes et traitées. Des "pistes" consultables seront également publiées sur le site www.thisisepigenetics.ca/fr et les portails de données du epigenomesportal.ca/ihec. Les données de séquence seront déposées dans les archives européennes du génome et du phénome dans le cadre de la contribution du CEEHRC.
Exemple de processus de nomination
La date limite pour postuler au Programme d'accès communautaire 2022 est maintenant passée.
Exemples d'exigences
Les échantillons doivent être expédiés à l'un des centres de cartographie pour traitement au plus tard trois mois après l'avis d'attribution.
- Biospécimens
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Les échantillons doivent présenter un intérêt général pour plusieurs groupes de recherche. Les lignées cellulaires transgéniques / knockout ou de conception similaire destinées à étudier des hypothèses de recherche auront une faible priorité.
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Les échantillons humains sont préférés, mais les spécimens d'organismes modèles pertinents pour la santé et les maladies humaines seront également pris en considération.
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Les cellules primaires et les tissus primaires normaux et malades sont préférés, mais les lignées cellulaires immortalisées d'intérêt général pour la recherche sont également éligibles.
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Les cellules/tissus malades doivent être accompagnés d'équivalents normaux correspondants, si possible.
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Les ensembles d'échantillons comprenant au moins deux réplicats biologiques sont préférés et doivent inclure des représentatifs masculins et féminins, le cas échéant.
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- Consentement du donneur et approbation éthique
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Les ensembles de données de séquences brutes issus de ces travaux seront déposés dans un dépôt public protégé conformément aux recommandations de l'IHEC et les pistes traitées seront mises à la disposition de la communauté. Les échantillons de sujets humains sélectionnés pour le profilage doivent être approuvés pour cette utilisation par le comité d'éthique de la recherche de l'établissement du groupe qui les soumet.
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Les certificats d'éthique et les formulaires de consentement doivent être soumis pour vérification par le personnel du centre de cartographie avant la réception des échantillons.
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- Exigences liées aux biospécimens
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- La priorité sera accordée aux échantillons à partir desquels un épigénome de référence complet (6 modifications d'histones ; WGBS et ARN-seq) peut être généré. Les exigences minimales pour un épigénome de référence complet sont indiquées ci-dessous. Des instructions détaillées pour le traitement et l'envoi des échantillons seront fournies avant la soumission des échantillons par le centre de cartographie respectif.
Exigences – Cellules
ChIP-Seq 700k cellules au minimum ; recommandation de 1 million de cellules ARN-Seq et WGBS 1M de cellules sous forme de culot congelé En réserve 1M de cellules sous forme de culot congelé Veuillez contacter les centres de cartographie (GSC-UBC ou McGill) pour plus de détails et pour des renseignements à jour sur les exigences minimales.
Exigences – Tissus
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Les candidats doivent fournir la preuve que la préparation de l'ARN à partir de la section de tissu donne un RIN > 7
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La quantité de tissu nécessaire dépendra de l'échantillon, mais les extractions doivent produire suffisamment d'acide nucléique pour procéder à la cartographie. Une quantité minimale serait de 5 à 10 mm cube.
Pureté
- Les cellules primaires triées doivent être >80% pures.
Métadonnées
Tous les échantillons doivent être accompagnés d'échantillons de métadonnées répondant aux exigences actuelles de l'IHEC (disponibles sur http://ihec-epigenomes.org/research/reference-epigenome-standards/
